jueves, 12 de noviembre de 2009

10K Genomas!

Hace unos días se publicó en Journal of Heredity la propuesta de un grupo de investigadores (Genome 10K Community of Scientists, entre los que está mi colega Andrew Crawford, de cuya página web me robé la foto que decora esta entrada) que proponen el lanzamiento de una iniciativa para secuenciar el genoma completo de 10,000 especies de vertebrados. 10,000! El lanzamiento de la iniciativa ha sido resaltado en varios medios, incluyendo Science y Nature.

La propuesta me parece interesante y ambiciosa (y casi que inevitable), pero sobre todo un poco intimidante. Para alguien que fue entrenado en la época en que todavía se obtenían secuencias de forma casi que manual usando geles de poliacrilamida que luego uno guardaba en un ZipDisk (gadget tecnológico efímero - si a alguien le interesa tengo un ZipDrive para la venta!), parece difícil imaginar cómo van a manejar toda esa información y especialmente cómo será analizada para contestar preguntas relevantes en evolución y demás. Claramente, las técnicas de secuenciación de ADN han avanzado más rápidamente que las herramientas análiticas y de bioinformática, pero llegará el día en que esta propuesta se haga realidad y algún día tendremos genomas completos de millones de organismos. Lo que realmente intimida un poco (o mucho) es que tengo la impresión de que los análisis que hacemos ahora con unos pocos genes probablemente estarán totalmente obsoletos a la vuelta de un par de años. Habrá que ver cómo reinventarnos...

2 comentarios:

Andrew J. Crawford dijo...

Hey Daniel!

Thanks for the mention. I quite agree with your comments. In fact, right now we have neither the lab tech nor the informatics tools to do this project! (see the Science & Nature comments.) But sequencing speed and costs have dropped by orders of magnitude. Yet fieldwork and permits take as long as ever, so the rate-limited step will soon be these mundane tasks. The G10K idea is to get the ducks all lined up for when the tech arrives. Which could be as soon as next year, if you listen to the rep from, e.g., Pacific Biosciences:
http://www.pacificbiosciences.com/index.php
(see video link at bottom right.)

So, given the truth of your last comment, I guess my message for today's students is: always focus on the Big Questions, not the Methods (analytical skills is another story)! The latest technology will be drawn to these good questions.

Keep on bloggin'!

cdc dijo...

Muy acertado el comentario de Andrew sobre la importancia de la aplicación de la tecnología a las Grandes Preguntas. A propósito, impresionante el artículo reciente en Nature del grupo de Richard Lenski (famoso por sus estudios de evolución experimental en bacterias E. coli) en el que pudieron estudiar la relación entre las tasas de evolución molecular a nivel genómico con la adaptación tras secuenciar el *genoma completo* de clones muestreados en seis generaciones diferentes!

http://tinyurl.com/ybann88